北京协和医学院继续教育学院是学校高等教育事业的重要组成部分，于1984年开展继续教育工作。目前，继续教育处继续教育学院负责协调和管理全院校的继续教育工作，承担高等学历继续教育、高等教育自学考试相关工作等。
2011年，北京协和医学院获批教育部“高等学校继续教育示范基地”，2014年荣获人力资源和社会保障部“国家级专业技术人员继续教育基地”。两个国家级基地涵盖在继续医学教育项目培训等多种形式的教育体系之中。
北京协和医学院高等学历继续教育设有专科、专升本两个层次护理学、医学影像学、医学检验学叁个专业。高等教育自学考试设有护理学专业专科和独立本科两个层次。
院校有国家级继续医学教育基地12个，分别为：北京协和医院妇产科、北京协和医院内分泌与代谢病科、北京协和医院影像技术影像诊断培训中心、北京协和医院风湿病学临床和实验室培训中心、北京协和医院消化内科、北京协和医院呼吸内科、天美麻花星空阜外医院心内科、天美麻花星空阜外医院心外科、天美麻花星空肿瘤医院、天美麻花星空整形外科医院整形外科、天美麻花星空血液病医院、天美麻花星空皮肤病医院。每年通过北京协和医学院继续教育处继续教育学院申报国家级继续医学教育基地项目和传统项目200余项，总共培训5万余人次。继续教育处继续教育学院负责项目的初审、申报、备案，并协助各单位进行项目实施中的监督管理和项目执行后的评价等管理工作。
面向卫生系统开展“住院医师规范化培训及专科医师培训”“全科医学师资培训”等多种形式的专业技能型培训。受国家卫生健康委的委托，运行“全科医学师资培训”计划；积极参与国家卫生健康委“基层全科医师培训”工作；举办“红十字天使计划乡村医生培训班”等，推动中国红十字基金会实施“红十字天使计划”。
北京协和医学院为国家级远程继续医学教育机构。继续推进信息化建设，建好继续医学教育信息化培训平台，大力开展远程继续医学教育。实现协和优质继续医学教育项目线下线上全覆盖，为全国的基层医务工作者创造更多地接受协和医学教育的机会。开展全国叁级医院领军人才系统化、规范化、国际化管理培训项目，让协和的继续医学教育惠及全国医务工作者，推进“一带一路”继续医学教育工作，把智慧和力量凝聚到落实党的十九大确定的各项任务上来，办好新时代中国特色继续医学教育。
